במאגרי המים קיים צנרת שבדרך כלל במשך השנים כשהיא נמצאת בתוך המים באופן קבוע מצטבר בה חלודה באופן חריג שעלול לגרום לכך שהיא תיסתם או תקטין את הלחץ למשאבות, או במידה ויורד לכיוון הדירות ללא משאבות, אזי, בגרביטציה.
מי שנכנס למאגר, כמובן כשהוא מרוקן יכול לראות בקלות שהצינורות לא במצב של עבודה מלאה.
חשוב מאוד, צינורות אלה לנקות טוב טוב, ולנקות עד כמה שניתן את החלודה שהצטברה.
יש מספר צינורות שיוצאים מן המאגר, צינור ריקון, צינור למשאבות כיבוי וצינור למשאבות מי צריכה.
הרבה פעמים כשרוצים לרוקן את המאגר דרך ברז ריקון מגלים שהמים מתרוקנים מאוד לאט כיוון שהצינור סתום. ולכן, יש לוודא בכול פעם שמנקים את המאגרים לטפל בצינורות אלה.
קיים צינור המכניס מים למאגר. צינור זה בדרך כלל חלוד בחלק שבא במגע באופן קבוע עם המים. הסיבה שהצינור בתוך המים היא, למנוע רעשים כשהמאגר מתמלא במים. רעש זה יכול להיות מטרד במיוחד כשדירות צמודות למאגר.
הסיבה שלא מתקינים צינורות פלסטיק ומעדיפים מתכת שמחלידה ומזהמת את המאגר היא, שצינורות פלסטיק מפרישים חומרים רעילים יותר ממתכת. אנו באופן אישי לא חולקים על כך למרות שלראות את החלודה המזהמת זה לא דבר סימפטי ונעים. בכול מקרה, צריך לגרד ולנקות עד כמה שניתן את הצינורות ולחטא. קיימת גם בעיה של נזילות ממאגר, יש מאגרים של מיכלי פלסטיק ואותם ניתן לתקן במידה והמיכל במצב סביר. יש מקרים שעדיף פשוט להחליף מיכל. יש מאגרים מבטון שנוזלים כשהאיטום לא איכותי, דבר זה גורם לאי נעימות. יש מקרים שהמאגר נוזל לחללים של הבניין, למחסנים ובמקרים אלה מרוקנים את המאגר ובונים מעקף מים במידה ואין בכדי שלבניין יהיה מים באופן זמני עד שיסיימו לשפץ המאגר. בשביל לזרז תהליך זה, מכניסים תנורים לייבש את קירות המאגר עד שיהיה יבש לגמרי ואז מתחילים את תהליך האיטום. בסיום מנקים ומחטאים את המאגר ומחזירים אותו לפעילות. חשוב מאוד לנעול את המאגר בכדי למנוע כניסת מזיקים ולכלוך שלא אמור להגיע לשם.